艦隊來了，但杜蘭選擇了撤退，並沒有和他們硬碰硬，直接帶走了五號機，一溜煙就跑了。整個伯大尼一槍不發就被被拿下了，seele來的時候根本沒找到杜蘭。這讓seele的更是憤怒，覺得有力沒地方使。
如果杜蘭選擇和他們打一仗，那麼seele或許還高興一點。但杜蘭選擇逃跑，這就不太妙了，看來杜蘭等人不但有實力，也很有目的性，為了最終的目的是不介意暫時吃癟的。能屈能伸才是最麻煩的對手，現在只能全球頒發通緝令，通緝這三個極度危險的傢伙。
加持知道杜蘭他們跑路之後，也提升了對他們的評價。硬碰硬不算什麼，能跑才是厲害的，因為有時候逃跑比衝鋒更難組織。
能戰略撤退的軍隊，絕非泛泛之輩。
衝鋒的時候，只要打贏了，什麼都有。但撤退的時候，卻會有人思想開小差，會有逃兵出現，因為如果一直輸的話，一是沒有補給，二也沒有士氣，久而久之隊伍就崩潰了。所以如何收攏敗軍，並且重新組織隊伍反擊，這是一個非常有挑戰性的工作。
總之撤退絕對是比硬碰硬更難的選擇，所以加持意識到杜蘭絕對不是什麼莽撞的人，這些傢伙肯定有更加深遠的目標，不計較一城一地的得失。
或許自己應該去找杜蘭，這樣他們才能一起反對《人類補完計劃》。
第三新東京市是越發冷清了，不過市中心倒是還有不少神經元配套設施的員工以及家屬在居住。學校裡也一直有轉校離開的學生，只有碇真嗣的班級人員還比較充分。這段時間碇真嗣有些分心，因為很快就到母親的忌日了，到時候他得和父親獨處，這讓他很緊張。
母親去世之後連一張照片都沒有，而且墓地越是衣冠冢，並沒有遺體。碇真嗣都已經快忘記母親長什麼樣子了，其實就是和綾波麗差不多，就是髮色不同。
第三新東京市的郊外有一片巨大的墓園，幾個山丘都光禿禿地插滿了圓柱的墓碑，這就是十五年來死去的有名以及無名的人，光是找墓碑就夠累的了，更不要說和父親獨處了，碇真嗣都不知道說什麼好。
最後他問了一句：“杜蘭老師在哪？”說實話少年對杜蘭的感覺很複雜，明明杜蘭一直在逼迫他做各種危險又古怪的事情，但現在卻也免不了要懷念。這是屬於抖m了。
碇源堂自然不會回答，不會告訴兒子這個危險的歷史老師已經從seele的視野裡消失了，現在全世界都在找他。不知道他帶走了五號機，到底要搞什麼。所以沒說話，父親直接轉身，因為他可是很忙的，接下來要去接受二號機，同時還要去宇宙看看六號機，以及去管理新的適格者。當然還有傀儡系統需要實驗，各種各樣的工作真的是讓司令停不下來，沒有時間和兒子玩過家家。
Tv劇情的世界裡杜蘭直接復活碇唯，讓她看到了這對父子的僵硬關係，這次杜蘭就沒這麼做了。他現在正在改造五號機，畢竟現在五號機有四條腿，上面的人雖然不知道雙腿只是裝飾，但杜蘭表示還是要往帥氣的方面發展，要把這五號機給改造成為真正的eva。
在掃墓回城的路上，突然出現了使徒從海面接近，海岸艦隊展開了進攻，但根本沒用。只見踏海而來的使徒，一個瞪眼就能讓海水化為利刃切碎戰艦，整個艦隊在頃刻之間就覆滅了。這個時候初號機駕駛員還在葛城美里的車上，她只能讓零號機待命。不過神經元的cic表示seele已經派遣了二號機出戰。
“二號機？！”葛城美里表示沒聽說二號機到達了島國。
此時天空的龐大運輸機已經在使徒的上空了，直接空投二號機。鮮紅的機體開始了自己的表演，穿過使徒釋放的槍林彈雨進入射擊距離。
手中是一把at力場推動的電磁武器，在空中降落的過程中，一槍打爆使徒的一個偽s2機關。槍法之驚豔讓碇真嗣都大呼厲害，同樣是eva駕駛員，他肯定不能在墜落的過程中如此精準地擊中目標。
但還沒有結束，使徒並沒有死去，因為還有另外一個真s2機關提供能量。二號機連續發射子彈，但都被敵人的at力場防禦住了，
於是只能連續射擊，把子彈排成一排，同時加上二號機的飛踢，一定要擊穿使徒的力場，消滅使徒。
第一次登場就熟練利用自己的各種優勢，甚至連重力都計算在內。也不知道是二號機的駕駛員自己想的，還是作戰室安排的。
總之這次使徒非常憋屈，根本沒有靠岸就被消滅了，可謂是徒勞一場，嗚呼哀哉。
何苦呢，連市區都沒進就被消滅了，簡直是給使徒丟人現眼。只能說使徒和使徒之間的差距也是非常巨大的，雷天使和力天使那真的是使徒裡的扛把子，誰看了都要翹起大拇指。其中力天使最為霸道，一招就能打穿第三新東京市的二十四層甲板，直接進入神經元的地下基地。
當然還有入侵型的使徒，tv版裡最厲害的就是入侵型的，不但防不勝防，而且還在極快地進化。最後因為進化太快而消亡，真的是自己殺死了自己。
當然還有精神汙染的，這種東西直接是對駕駛員進行傷害。當然也有講科學的，知道自己力量小，就利用科學來加強自己的力量，直接從外太空砸向第三新東京市，利用重力加速度和自己自身的力場試圖把城市撕開。
為什麼使徒都要來第三新東京市？因為黑之月就在地底。
Seele透過《死海文書》的引導找到了兩個地方，一個就是南極，亞當所在。一個就是第三新東京市地下的黑之月所在。
故事要從很久很久之前說起，話說當時地球剛剛誕生，亞當就一頭撞上了地球，可能是在宇宙做週期運動根本沒想到地球會擋路。撞上地球之後，亞當手裡的白之月裡又誕生了不包括莉莉絲在內的其他使徒。
又過了很久很久，莉莉絲也一頭撞在了地球上，引發了第一次衝擊，而她帶來的就是黑之月。
至於還有什麼生命果實、智慧果實，什麼世界樹之類的，只能說是書寫《死海文書》的作者進行了藝術加工，使徒和人類確實有巨大的不同，所以作者認為使徒吃掉了生命果實，人類吃掉了智慧果實，因此引發不同，這是可以理解的人類聯想。但其實並沒有吃果實這個具體的事情，不同就是不同，只是人類需要一個解釋，就在文獻上有了這樣文學化的記錄。
至於亞當和莉莉絲到底屬於什麼生物，那就不知道了，畢竟《死海文書》是地球上的產物，沒法追述到亞當和莉莉絲的宇宙時代。或許他們真的是從世界樹上掉下來的，也可能就是神奇的宇宙生物。
不管如何，人類按照記載找到了他們，並在研究亞當的時候發生了第二次衝擊。之後又發現了莉莉絲，並且知道了所有使徒想要的東西就在地下，所以在上面建造了要塞抵禦使徒。只要消滅了使徒，那麼人類就能獨佔黑之月了。